台湾沈光文纪念碑。
台湾，在大陆中医进入台之前，只有少量少数民族用原始经验利用台湾本地药材的情况，且混杂入大量原始崇拜。从明清开始，大陆许多著名的中医陆续赴台，不仅提升了台湾的中医水平，还留下众多的中医著作，推动台湾中医药学的普及与发展。
最早赴台中医沈佺期沈光文
两岸中医药文化交流中，随着港口开发，开启了两岸商贸的通道，中药材顺着这一通路起航。当然，医药互动并非闽台中医药文化交流的唯一体现，台湾中医药文化系统的形成，更重要的在于大陆中医的进入。
据厦门大学历史系副教授涂丹介绍，明末清初，大量福建、广东、浙江等地移民进入台湾本岛，这其中不乏数以百计的中医药工作者，他们带去了中原文化，办学堂兼习医施药，还发掘了不少当地的中草药，有效推动了中医药文化在台湾的落地和发展。郑成功收复台湾后，闽南漳泉等地移民三次东渡台湾，带去了大量中医药著作和技术，就现存有关文献记载，目前可考的最早赴台中医为沈佺期和沈光文二人。
根据《台湾通史》的记载：沈佺期字云又，福建南安人。崇祯十六年登进士，授吏部郎中。隆武立福京，擢右都副御史。及帝陷汀州，佺期南下，随延平郡王起兵于泉州桃花山，为幕府上客。后入台湾，以医药济人。
厦门市海沧区闽南文化研究会副会长、台胞符坤龙说，沈佺期从小生活在山沟之中，谙熟许多民间青草药方，沈佺期因精通医术，所以还身兼“郑家军”军医之职。郑成功驱逐台湾荷兰人之初，士兵因时台湾初辟，瘴气为害，将士多不合水土，病者十之八九，沈佺期用台湾本土的青草药为士兵治病，沈中丞的医术很快地在士兵中传开了。
不但如此，沈佺期还用他的医术与台湾土著交好，医治了很多部落的病人，深得台湾土著信任，在台湾生活20多年，行医济世，不仅救人无数，而且将大陆的中医药学知识传入台湾，对台湾此后的医学发展产生了深远影响，被誉为“台湾医祖”。
与沈佺期同时期进入台湾的还有沈光文。出生于浙江的他，少时以明经贡太学，南明福王元年(1645年)曾授太常博士，累升太仆少卿。南明桂王永历三年（1649年）由潮州航海至金门入泉州，遇飓风飘至台湾。郑经时期，沈光文以赋寓讽，几遭不测，乃变服为僧而入山，寄寓于高山族人的目加溜湾社，以教读为生，同时用自己的医术为当地民众诊病疗疾，深得民众敬重，同时也使中医药知识在高山族落地生根。
位于南安的沈佺期文化园。
多在台湾乡村地区行医
从大陆入台的中医药人员看，在台闽医占据交流的主导地位。由于福建移民在台比例极高，所以在台中医多为闽籍。这些闽医既包括渡台者，也包括福建移民后裔。
早期福建中医入台，一开始在汉人移民中行医，随后经历了从以医为主向以药为主的转变过程。福建中医药大学副教授陈韵说，早期入台闽医中，大致可以分为三大类，一是专门的职业医生。南安蓬岛人郭严明便是一例。他道光年间“渡台经商，传承先祖旧业，壮年学习医书，擅治痘疹，救人不少……不计谢仪”。用陈韵的话来说，正是范元成、郭严明这些有德闽医的仁心仁术，才使福建中医药文化更加深入台湾民心。
另一类是以宗教人士的身份行医，还有一类是儒医兼有之人行医，这些人往往以举业为先，行医多为造福乡里或是科举不利被迫谋生之举。泉州花桥人陈梅圃是此类代表。据《闽台历代中医医家志》的资料显示，其祖、父均为中医，陈氏“少年时便研习岐黄，得悉药性炮制之法”，清末到基隆后，为人诊病，和蔼诚恳，以医德见称。”事实上，这样在台行医的福建药行商不在少数，而在他们主营药材、兼行医术的过程中，也将福建中医药学的理念带到台湾。
陈韵告诉记者，在台行医的闽中医以后两者居多，且多在台湾乡村地区行医。专职医生很大一部分是游方郎中，真正的坐堂医生是到清代中后期台湾移民社会逐渐定型后才迅速增加的。
徐麟书的手抄医书与其后人徐宝习的药单。
日据时闽中医依然活跃
清朝平台后，大陆民众尤其是闽人赴台高潮再起，移民“所至必具药铺”，同时还涌现出以徐麟书、吴沙等为代表的大批优秀渡台医生。随着赴台中医人数的增加，以及民众文化知识水平的提升，为中医文化在台传播创造了良好的基础和客观条件，加之两岸交通的改善，台湾的中医水平不断提高，中医治疗方式在社会上逐渐普及开来，而且出现了专门性的医方著作。
出身于广东六世医药世家的徐麟书，祖上均以经营中药材为业，同时以精通医道为人治病为专长。徐麟书继承祖业，对医药知识、技术钻研勤奋，造诣颇深，独具匠心，对妙剂良方积累发明尤多，颇受世人好评，道光年间曾被征为太医院御医。因亲眼所见清廷腐败，不愿立身其中，遂离京渡台。赴台后初居台南，几经辗转，后于台湾新屋后源村悬壶行医，以其高效而医名渐盛，一时有“和扁再世”之誉而闻名遐迩。涂丹说，徐麟书除了忙于诊务外，在行医临诊之暇，着有《秘传医书》一册，专门总结其在行医中的经验与心得，并论述了症状记录在临诊中的重要性。
事实上，大陆中医在台行医过程中，并非一帆风顺。擅长治疗痘疹而闻名的漳浦人吴沙，1733年入台，寄居淡水，与高山族交往密切。嘉庆二年（1797年），高山族三十六社天花流行，死亡甚众，按其习俗，阖社迁徙。吴沙为他们传授方药，但有不少病人疑而不敢服用，部分病人服用后，痘病多愈，经他治疗而痊愈者百数十人。吴沙因此被高山族人视之为神。
鸦片战争后，海峡两岸先后开启了近代化的进程。涂丹坦言，马尾船政局的建立，更是促进了两岸医学人员的自由往来以及大规模中药材运输，加之沈葆桢、刘铭传等人主政台湾时，禁止内地人渡台入山政策被废除，以及台湾的建省使其政治军事地位的提升，进一步推动了大陆商民更大规模的赴台。1885年，台北官医局和官药局的开设更创台湾公立医院之始。这一时期，有众多大陆商民，尤其是闽籍人士赴台，这其中既有潜心医术，行医诊病者，也有经营药材、传播中医理念者。同时，还有不少台籍人员赴大陆学习中医，而福建往往是他们的首选求学之地。
根据涂丹提供的材料表明，即便到了日据时期，台湾依然活跃着大批中医。如被誉为“台湾汉医第一人”的泉州籍名医黄玉阶，不仅医术高明，尤其在治疗霍乱、鼠疫等传染病方面贡献巨大，同时还培养了大批后继之才。其泉州籍弟子陈自新在台湾沦陷后发奋钻研医术，杨棕、陈文菊、陈梅圃、陈银海、郭严明、郑崇和、邱世浚等闽籍中医也仍在台执业。正是这些中医的坚持，使台湾中医药文化才得以传承。
